Téléchargements liés à  la traçabilité

Toutes les ressources en lien avec l'application e-SIToul Barcode se trouvent dans https://groupes.renater.fr/sympa/d_read/e-sitoul_barcode/

Téléchargements liés au pyroséquenceur PyroMark Q24

NomDescriptionAuteur(s)DateTélécharger
Pyromark Q24 Software
Préparation de runQiagen05-07-13fichier .zip
Méthodes d'analyse pour Pyromark Q24 software
Méthodes d'analyse à  intégrer au logiciel de préparation de run, permettant l'utilisation de consommables calibrésQiagen05-07-13fichier zip
Assay Design Software 2

Logiciel permettant de dessiner des primers de PCR et de séquençage pour le pyroséquenceur.

Qiagen05-07-13fichier .zip

Téléchargements liés au séquenceur ABI3730

NomDescriptionAuteur(s)DateTélécharger
Plan_depot_384_3730.xlsPlan de prélèvement pour les plaques 384 puits04-01-08fichier .xls
InvertFileNamesFromSequencers.jarApplication permettant de renommer des fichiers issus des séquenceurs ABI3730 et ABI3100 dans le cas où les positions des échantillons sur la plaque ne correspondent pas à  la feuille de route (Notice).Gérald24-09-07fichier jar
Sequence Scanner (v1.0)

Logiciel gratuit de visualisation de séquences (fichiers .ab1) : description en anglais rédigée par Applied Biosystems.
Nécessite les droits d'administration sur le PC pour l'installer.

ABI09-05fichier .exe
Peak Scanner (v1.0)Logiciel gratuit de visualisation de séquences (fichiers .ab1) : description en anglais rédigée par Applied Biosystems.
Nécessite les droits d'administration sur le PC pour l'installer.
ABI04-09fichier .exe
05-11-04_macrosCRGS.xlsTableur Excel contenant les macros nécessaires au préformattage des feuilles de route de génotypage et de séquençage pour le séquenceur 3730 dans le cas où la plaque n'est pas pleine (moins de 48 échantillons pour une plaque de 96 puits ou moins de 336 échantillons pour une plaque 384 puits -  NoticeGérald04-11-05fichier .xls
CRGSRenamer.exeProgramme permettant de renommer les fichiers issus des séquenceurs à  l'image du nom obtenu quand on télécharge les fichiers du site (Notice).Gérald08-12-05fichier .exe
Feuille de route*FR pour séquençage 96 puitsFrédéric E02-02-12Fichier .xls
Feuille de route*FR pour service communFrédéric E03-11-11Fichier .xlt
Feuille de route*FR pour génotypage 96 puits 4 couleurs ROX400HDGérald/Marie19-09-14Fichier .xls
Feuille de route*FR pour génotypage 96 puits 4 couleurs ROX500Gérald/Marie19-09-14Fichier.xls
Feuille de route*FR pour AFLP 96 puits 4 couleurs ROX400HDGérald/Marie19-09-14Fichier.xls
Feuille de route*FR pour génotypage 96 puits 5 couleursGérald/Marie19-09-14Fichier .xls
Feuille de route*FR pour génotypage 96 puits 5 couleurs 1200LIZGérald/Marie19-09-14Fichier .xls
Feuille de route*FR pour séquençage 384 puitsGérald/Marie19-09-14Fichier .xls
Feuille de route*FR pour génotypage 384 puits 4 couleursGérald/Marie19-09-14Fichier .xls
Feuille de route*FR pour génotypage 384 puits 5 couleursGérald/Marie19-09-14Fichier .xls
Matrice 4 couleurs pour GeneScanMatrice permettant d'ouvrir les fichiers de génotypage en 4 couleurs produits par le 3730/3100 avec GeneScan 3.7 (Notice)ABI27-04-06fichier .mtx
Matrice 5 couleurs pour GeneScanMatrice permettant d'ouvrir les fichiers de génotypage en 5 couleurs produits par les 3730 et 3100 avec GeneScan 3.7 (Notice)ABI27-04-06fichier .mtx

Téléchargements liés au thermocycleur temps réel ABI7900

NomDescriptionAuteur(s)DateTélécharger
SDS 2.3Logiciel d'analyseABIFichier .exe
Feuille de route*

96 puits, dosage ADN, 5 plaques

Julie12-12-08Fichier .xls
Feuille de route*

96 puits

Amandine25-01-08Fichier .xls
Feuille de route*384 puitsAmandine25-01-08Fichier .xls
SDS2Genotype_101.xlsMacro Excel permettant de transformer le fichier résultat de SDS en liste de génotypes. Plus d'infos en suivant le lien.Eddie Iannuccelli20-01-06Lien web

* : les feuilles de route en téléchargement sur ce site sont au format .xls pour faciliter leur téléchargement et leur ouverture dans votre tableur préféré (Calc d'OpenOffice.org, Excel de Microsoft...). Elles doivent être enregistrées au format .txt pour être acceptées par les logiciels de pilotage de robot (séparateur de champs = tabulation).

 

 

Dernière mise à jour : 09/09/2019. Site développé avec typo3.